คุโด้ ชินอิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลาย วัย 17 ปี ถูกขนานนามว่า “ยอดนักสืบแห่งปีเฮเซ” ได้แอบดูการเจรจาลับของชายชุดดำ โดยไม่ระวังว่าชายชุดดำอีกคนได้แอบลอบทำร้ายด้านหลัง แล้วถูกจับกรอกยาพิษที่ระบุว่าถูกผลิตภายในองค์กรของพวกเขา แต่ยาพิษนั้นกลับทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ และเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น เอโดงาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของ ดร.อากาสะ ฮิโรชิ และเพื่อสืบหาเบาะแสร่องรอยของชายชุดดำและเพื่อนำยาแก้พิษกลับมา จึงได้ไปอยู่กับ โมริ รัน เพื่อนตั้งแต่สมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งคุณพ่อของรัน โมริ โคโกโร่ เป็นนักสืบเอกชน เพื่อสืบหาพวกชายชุดดำ
